يهدف مكتب الاستشارات البحرية والبيئية تقديم الاستشارات البحرية والخدمات والخبرات العلمية والفنية ومراقبة التلوث في الأنهار والمياه البحرية العراقية وتطوير الخبرات المتخصصة وتقديم الاستشارات في مجال تطوير الثروة السمكية، وكذلك إجراء المسوحات البيئية والطبوغرافية والجيوفيزيائية للمياه النهرية والبحرية وتحريات التربة، فضلا" عن تنفيذ المشاريع من خلال التعاقد مع دوائر الدولة والقطاع الاشتراكي والمختلط والقطاع الخاص ضمن اختصاصه والمساهمة في دراسة الاثار البيئية للمشاريع الصناعية والسكنية. والإسهام في رفع مستوى الخبرة العلمية والعملية من خلال زج الهيئات التدريسية في أعمال مؤسسات الدولة التنفيذية المباشر وتلاحم الأفكار مع حقل العمل. وتبادل الخبرات مع المكاتب المشابهة والجهات ذات العلاقة.